凍干機的原理是在真空狀態下，從固態的樣品中直接將溶劑升華為氣態而達到干燥的目的。由于是在常溫甚至低溫狀態下干燥樣品，所以不影響其樣品的生物活性，并且處理后的樣品呈酥松多孔狀態，易于溶解。所以凍干是保存生物活性樣品的好方法。
　　
　　凍干機操作流程簡述：
　　
　　一、預凍準備
　　
　　1、物料均勻地置于物料盤中，物料厚度不要超過10mm，物料溫度傳感器置于物料中的合適位置，并固定好。
　　
　　2、將裝有物料的托盤放置于凍干架上，再放入冷阱中，蓋上保溫蓋。
　　
　　3、打開總電源開關。若準備在凍干結束時往干燥腔充氮氣（或其他惰性氣體），先用氮氣從放水進氣口處往冷阱腔充氣，沖洗一下放水進氣管道，再關緊放水進氣閥。
　　
　　二、物料預凍
　　
　　物料的預凍是冷凍干燥過程的關鍵步驟，預凍過程的好壞直接影響冷凍干燥產品的品質。物料預凍過程基本可分為慢速冷凍、快速冷凍，用戶可根據具體需要靈活操作設備，達到物料的有效預凍。如：
　　
　　1、慢速冷凍：預先準備好的物料放入冷阱，蓋好保溫蓋，打開壓縮機，預凍開始；
　　
　　2、快速冷凍：先行打開壓縮機，待冷阱腔溫度下降到一定溫度，再將預先準備好的物料放入冷阱，預凍開始；
　　
　　三、凍干操作
　　
　　1、將物料架從冷阱腔中提出，置于備用的活動硬質塑料圓盤上（均放置在冷阱腔上方），然后將有機玻璃罩罩好，若采用壓蓋裝置凍干物料，物料預凍好后迅速將物料從預凍架轉移到壓蓋裝置的擱板上，然后將壓蓋用的有機玻璃罩罩好。
　　
　　2、系統運行在設備操作屏，按“真空泵”鍵，真空泵工作，按“真空計”鍵，真空度顯示，待真空度達到30Pa左右后，按“加熱”鍵啟動凍干工藝程序，干燥開始按預先設定的工藝程序運行。
　　
　　注意：真空度零點已調好，用戶無需進行校正；開真空計后顯示大氣狀態為110×103～80×103Pa均為正常,無需進行調節。
　　
　　建議：在凍干過程，需要查看真空度時才打開真空計，不查看時關閉真空計，這樣可延長真空計使用壽命。
　　
　　四、化霜操作
　　
　　1、控制系統運行在設備操作屏，按化霜鍵，啟動冷阱電化霜，化霜結束，系統會自動停止化霜。（該功能應所選機型具備）
　　
　　2、清理冷阱內的冰塊、水分和雜質，妥善保養設備，冷阱腔內的冰溶化后，可通過放水進氣閥排出機外；不使用時應使主機放水進氣閥處于開啟狀態。